Son muchos los agentes patógenos que afectan a los cultivos. Hay que diferenciarlos de las plagas como insectos, gasterópodos o plantas parásitas. Los patógenos se reconocen por ser parásitos de los vegetales interfiriendo con su metabolismo. A veces únicamente causan una deficiencia en la planta por el secuestro de nutrientes por causa del patógeno que puede ser más o menos grave, y a veces pasan desapercibidas, o bien como es frecuente causan tales alteraciones en la planta que pueden en el peor de los casos llevar a la muerte de la misma. Por otro lado, hay plagas que además del daño que causan per se, son mucho más dañinas por su capacidad para transmitir enfermedades.

Sin embargo no es necesario que el daño sea tan extremo, es suficiente con que se produzcan síntomas en los frutos para que éstos pierdan valor comercial, o bien que la merma en la producción sea tan grande que el cultivo no sea rentable.

Los patógenos vegetales que se reconocen actualmente y en orden de importancia económica (aunque esto depende también del cultivo del que se trate) son:

• Hongos: presentes en el suelo, raíces y sustratos, Pythium, Rhizoctonia, Verticillium, Fusarium, etc. Sobre las hojas crecen la Botrytis, el Oidio, Mildio, etc. No todas las especies son igual de patógenas y a veces en necesario reconocer incluso la subespecie.

• Virus: Los más destacados en los cultivos mediterráneos, Cucurbit vein yellowing ipomovirus, Pepino mosaic potexvirus, Pepper mild mottle tobamovirus, Tomato chlorosis crinivirus, Tomato spotted wilt tospovirus, Tomato yellow leaf curl bigeminivirus,  Lettuce mosaic virus, Citrus tristeza virus, Cucumber mosaic virus, Grapevine fanleaf virus, Grapevine leafroll virus,  Grapevine fleck virus, Grapevine virus A/B, Bean yellow disorder virus, Plum pox virus, etc.

• Bacterias: Entre las más importantes desde el punto de vista de la fitopatología, Acidovorax, Pseudomonas, Clavibacter michiganensis, Erwinia, etc.

• Viroides: Constan únicamente de ARN en su estructura, careciendo de proteína. Se desconoce el mecanismo de transmisión en la mayoría de los casos. Entre los más importantes en nuestro entorno: Citrus exocortis viroid, Potato spindle tuber viroid, Citrus bent leaf viroid, etc.

• Nematodos: Los nematodos patógenos de plantas son animales de tamaño muy pequeño, inferiores a un milímetro. No todos los nematodos que se encuentran en el suelo son patógenos, de ahí que las técnicas de esterilización del suelo pueden tener efectos contraproducentes en determinadas circunstancias al eliminar a estos animales además de ciertos microorganismos potencialmente beneficiosos. Entre los nematodos patógenos de plantas se distinguen los presentes en los sistemas radicales: formadores de nódulos, formadores de quistes, los hay transmisores de virus y también algunos propios de las partes aéreas.

En ARNea disponemos de análisis para la mayor parte de los patógenos que afectan a los cultivos de nuestro entorno.